总理太监张彝宪请入觐官投册，以隆体统；许之。提学袁继咸上言：『士有廉耻，然后有风俗；有气节，然后有事功。今诸臣未觐天子之光，先拜内臣之座，士大夫尚得有廉耻乎？逆璫方张时，义子、干儿昏夜拜伏，犹以为羞；今且白昼公庭，恬不知怪，所为太息也』。上以越职言事，责之。张彝宪奏辨觐官参谒，乃尊朝廷。继咸复上言：『尊朝廷，莫大于典例。知府见藩臬行属礼，典例也；见内臣行属礼，亦典例乎？诸司至京投册吏部各官，典例也；先揭内臣，亦典例乎？事本典例，虽坐受犹以为安；事创彝宪，即长揖祗增其辱。高皇帝立法，内臣不干外事；若必以内臣绳外臣，「会典」所不载』。上仍切责之。
进延绥巡抚陈奇瑜兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川军务；视贼所向，随方剿抚。先是，贼既蔓延秦、晋、楚、豫之郊，流突无定；廷议以为各镇、抚事权不一，互相观望，宜以重臣开督府，统摄诸道兵讨贼，上允之。参议洪承畴因陕西三边所恃，未可轻易；故有奇瑜之命。
三月，山西大饥，民相食；发金五万赈之。
免浙江崇祯三年以前织造。
四月，海盗刘香老犯海丰。
五月，陕西按察副使贺自镜奏：监纪太监孙茂霖玩寇。宣府太监王坤奏：『监军纪功罪耳，追遂有将吏在：果如自镜言，则地方官罪不在茂霖下矣』。上不问。
六月，江西饥，逋负益多。观政进士陆运昌上「抚字八条」，上可其奏，下部议。
叙禁旅功，荫太监曹化淳世袭锦衣卫千户，袁礼、杨朝进、卢志德各百户；以击盗屡捷也。
罢各道监视太监。谕曰：『朕御极之初，撤还内镇，举天下悉以委之大小臣工。比者多营私，罔恤民艰；廉谨者，又迂疏无通论。己已之冬，京都被兵，宗社震恐；此士大夫负国家也。朕不得已，用成祖监理之例，分遣各镇监视，添设两部总理；虽一时权宜，亦欲诸臣自知引罪。今经制粗立，兵饷稍清，诸臣亦应知省。其将总理、监视等官尽行撤回，以信朕之初心』。惟关宁密迩外境，高起潜兼两镇暨内臣提督如故。
八月，总督陈奇瑜招抚降贼复叛。先是，众贼为洪承畴所逐，窜汉中；川兵扼巴西诸险，贼饥无所得食，故乞降于奇瑜凡数万人。奇瑜专事招抚，受其降，檄诸部按甲无动，遣官监护降者；且檄所过郡邑，为具糗粻传送之。诸盗本无降意，又未大创，徒以饥疲困于地险不得逞；既度栈道、已出险，渐不受绳束，仍事杀掠，所至罢市。贼遂尽杀监视官三十员，攻陷麟游、永寿，势不可遏矣。
贼先锋高杰降于贺人龙。
闰八月，陈奇瑜至凤县。时贼益炽，北接庆阳，西至巩昌，西北至■〈分阝〉州、长安，西南至盩厔、宝鸡，众殆二十万。奇瑜始悔其见愚，急分兵出御而兵已寡矣。
九月，陕西巡按傅永淳上言：『汉南降贼陷城破邑，所在骚然。皆由奇瑜专主招降，谓盗心已革，不许道途讯诘；故郡邑不敢问，开门揖盗，剿抚两妨。皆奇瑜之流毒也』。
十月，上数御经筵，遇雪不辍。谕讲官韩日缵、姜逢元等，毋忌讳。
十一月，削总督陈奇瑜职，听勘。
侍读倪元璐上言：『边臣之情（？）归命监军，无事禀成为恭，寇至，推委百出；阳以号于人曰：「吾不自由也」。陛下何不信赏必罚，以持其后；而必使近习之人，试之锋镝，又使藉口迄用无成哉！始陛下曰：「行之有绩，即撤」；今行之无绩，益宜撤』。不听。
礼部右侍郎陈子壮尝谒大学士温体仁，体仁盛称主上圣神，臣下不宜异同。子壮曰：『世宗皇帝最英明，然祔庙之议、勳戚之狱，当日臣工犹执持不已；皇上威严有类世宗，而公之恩遇孰与张桂？但以将顺而废匡救，恐非「善则归君」之意也』。体仁意沮，遂成嫌隙。
十二月，进洪承畴兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等处军务；其总督三边如故。
总督两广熊文灿戴罪自效。先是，文灿令守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之木、张一杰往谢道山招降刘香老，既而被执。文灿奏『道将信贼自陷』；上曰『贼渠受抚，自当听其输诚；岂有登舟往抚之理！弛备长寇，尚称未知；督臣节制何事』？故令戴罪。
八年（乙亥）春正月，兵部职方主事贺王圣劾温体仁庸奸误国；谪外。御史吴履中劾温体仁、王应熊并及监视内臣；上切责之。
上以祖训凡郡王子孙有文武才能堪任用者，宗人府具以名闻，朝廷考验授以职，迁除如常例。侍郎陈子壮上言：『宗秩改授，适开侥幸之门；隳藩规、溷铨政』。上以其间亲，下于理。明年四月，始得释。已而宗秩莅官多不法，公私苦之。
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福建游击郑芝龙合粤兵击刘香老于田尾远洋，香老胁兵备道洪云蒸出船止兵。云蒸大呼曰：『我矢死报国，亟击勿失』！遂遇害。香老势蹙，自焚溺死。康承祖、夏之木、张一杰脱归。
七月，以文震孟入阁办事。讲「春秋」称旨，故有此特简。
八月，上谕：『致治安民，全在守、令。而两京文职三品以下、五品以上，各举知府一人，无论科第贡监；在内翰林科道、在外抚按司道，各举州县官一人，无论贡监吏士。过期不举议处，失举连坐』。
十月，上避殿撤乐，下罪己之诏曰：『朕以凉德，缵承大统。不期倚用非人，边乃三入，寇则七年；师徒暴露，黎庶颠连。国帑匮诎，而征调未已；闾阎凋敝，而加派难停。中夜思维，不胜愧愤。今年正月流氛震惊皇陵，祖恫民怨，责实在朕。今调劲兵、留新饷，立救元元，务在此举。惟是行间文武吏士劳苦饥寒，深切朕念。念其风餐露宿，朕不忍安卧深宫；念其饮水食粗，朕不忍独享甘旨；念其披坚冒险，朕不忍独衣文绣。择兹十月三日，避居武英殿，减膳撤乐；非典祀事，惟以青衣从事，与我行间文武吏士甘苦共之，以寇平之日为止。文武官其各省愆淬厉，用回天心，以救民命』。
十一月，大学士何吾驺、文震孟罢。初，吾驺、震孟欲以工科给事许誉卿补南京太常卿，温体仁与吏部尚书谢陞难之。陞遂疏纠誉卿，震孟止欲夺誉卿俸，体仁不肯；震孟作色掷笔曰：『即削籍无害』。体仁夕揭上，而吾驺、震孟朝罢矣。
逮庶吉士郑鄤。鄤继母，大学士吴宗达女弟也。鄤薄于宗达，宗达因揭其杖母、烝〔父〕妾；体仁入告，下狱。
太监高起潜弟，荫锦衣卫中所正百户，世袭。
十二月，城凤阳。
吏部尚书谢升奏起废一百六人，不果用。
贼闯王攻陷光州，贼舁大炮二十座攻城，然二炮，城拉然崩颓。城中顷刻火作，贼乘而入，官吏士民屠戮无遗。
九年（丙子）春正月，以刘宗周为工部右侍郎。
特简淮安卫三科武举陈启新为吏科给事中。先是，启新伏阙献疏；疏称：『朝廷有三大病根：以科目取人，一病根也。据其文章，孝弟与尧舜同辙、仁义与孔孟争衡；及考政事，则恣其贪、任其酷，前所言者皆纸上空谈。盖其幼学文时，父、师所训皆谓读书可致富贵，故进步止知荣身、荣亲，谁更思行其致君、泽民之道哉！臣所以效贾生之哭者，此也。以资格取人，一病根也。考国初，典史冯坚任佥都、贡士彭友信任布政、秀才曾太授尚书，何尝以资格限之。至嘉靖时，犹三途并用。独今惟尚文之一途，即一途且分界地：贡士官止于贡、举人官止于举。贡者明知前途无路，取如是、不取如是，毋宁多取；举者明知历任有限，清如是、贪亦如是，毋宁贪求。若进士，则又知天下之爵，皆其砧几之物；天下之士，皆其朋比中人：炼成一气、打成一片，横行莫之问、放诞莫之稽。取凭其取、与遂其求，又安得官不贪、吏不污耶？偶有一清廉自爱者，则共道其矫、共骇其异，不去之不已。臣所以效贾谊之痛哭者，此也。以推知行取科道，又一病根也。知县者，民之父母；入仕之初，尚畏简书，自应谨饬。今一选知推，便不思爱养；梃政兼施，贪酷相济。所以然者，良由行取为科道也。彼受任时，先以科道自居，谓异日能举劾人、能荣辱人；及至守巡司府，竟以科道相待，谓彼异日可显我、可斥我：结交可为膀臂、投契可为奥援，畏敬之不暇，又何敢侮其意、制其行乎？故虐民、剥民、颠倒民、凌毙民，无不肆其所欲。可怜此蚩蚩之氓，叩阍无路、赴诉无门，欲不为盗得乎？臣所以效贾谊之痛哭者，此也。国家受此三大病痛，由是章句无用、党羽日盛，惟利是好、非情不行，竟成一迷局，举世尽醉梦于其中而不醒矣。尝见青衿子朝不谋夕，一叨乡荐便无穷；举人及登甲科，遂钟鸣鼎食、肥马轻裘，非数百万则数十万。试思此胡为乎来哉？嗟嗟！古云：「财不在下则在上」。使在下也，今日输赋税、明日输加派，犹有入之之日；即使在上，今日发内帑、明日发京库，犹有出之之时。今何不幸，而尽夺于中之缙绅乎！则何日而得其出而流通于世乎？不独不出也，彼且身无赋、产无徭、田无粮、物无税，且庇护奸民赋徭粮税，其入之正未艾也。即或有时而出，非买科第，则买地方、买迁陞，而出一无不入千。天下有数之财，岂堪此乎？上好下甚，日趋日极。今天下危矣，若病根不除，则盗贼必不能息；势不以皇上之天下断送于章句腐儒之手不止也！臣所以席藁跪伏于大明门外引领待死，上陈治病之药言有四：一当速停科目，以黜虚文；一当速举孝廉，以崇实行；一当速罢知推行取科道，以除积年横恣之陋习；一当速蠲灾伤钱粮，以苏屡岁无告之颠连。由此真才自出、风俗还醇，而世臻上理矣』。洒洒五千余言，皆切时弊。上嘉异之，故特有是命。启新既拜命，惟敝车羸马以从事。
给事中常自裕上言：『流寇数十万，最强无过闯王。彼多番、汉降丁，坚甲铁骑；洪承畴、卢象升即日报斩获，不过别营小队耳，于闯势曾无损也。督、理两臣宜令专围闯王，而余贼自破竹矣』。
二月，郧襄贼犯竹山。竹山自七年为贼屠陷，至八年知县黄应鹏仅栖草舍数椽；至是，贼复至，应鹏弃城走，贼入据城。有征粮六百石，尽为贼食；食尽，焚县治而去为空城矣。
唐王聿键奏南阳洊饥，有母烹其女者。
三月，工部右侍郎刘宗周上言：『皇上即位之初，锐意太平；而施为次第之间，未得其要。属意边疆，而贼臣以五年为期之说进；遂至戎马生郊，震及宗社，而朝廷始有积轻士大夫之心矣。由是厂卫司讥防，而告密之风炽；诏狱及卿士，而堂帘之情违。人人救过不给，而欺罔之习转甚；事事仰承独断，而谄谀之风日长。甚者参勘之法，惟重征输；官愈贪、民愈困，而贼愈逋。总理之外，复设监纪；权愈分、法愈废，而盗愈多矣。君臣相与，至难也！得一文震孟，而单词报罢矣；得一陈子壮，又以过戆下狱矣。市井杂流，乃得操其讹说投间抵隙，以希进用，而国事尚可问哉？乞皇上体上天生物之心，而不徒用风雷；念祖宗学古之益，而不至轻言改作。以宽大养人才，以拊循结人心；而且还内庭以扫除之役、正懦帅以失律之诛、慎宗贤以改秩之授。特颁尺一，遣廷臣賫内帑巡行郡国为招抚使，赦其无罪；而流亡者专责抚、镇陈师险隘、坚壁清野，听其穷而自归。诛渠之外，不杀一人。此圣王治天下之明效也。武生新授吏科给事中陈启新，一言投契，立置清华；此诚盛事。臣愚谓宜先令以冠带，办事黄门，稍如试御史例；俟数月后，果有忠言奇计，实授未晚。不然，如名器可惜何』！疏入，不报。
四月，武生李璡奏：『致治在足国，请搜括巨室助饷』。大学士钱士升拟下之法司，不听。士升上言：『比者借端幸进，实繁有徒。而李璡者，乃倡为缙绅豪右报名输官，欲行手实籍没之法。此皆衰世乱政，而敢陈于圣人之前，小人无忌惮一至于此！且所恶于富者，兼并小民耳。郡邑之有富家，亦贫民衣食之源也；以兵荒之故，归罪富家而籍没之，此秦始皇所不行于巴清、汉武帝所不行于卜式者也。此议一倡，亡命无赖之徒相率而与富家为难，大乱自此始矣』。已而温体仁以上欲通言路，竟改拟；上仍切责士升，以『密勿大臣，即欲要誉已足致之，毋庸汲汲』！时福建右卫经历吴化鲲讦奏士升弟士晋，体仁亦拟严旨。士升遂乞罢，许之。御史詹尔选上言：『大学士钱士升引咎回籍，明乎辅臣以执争去也。皇上宜鼓舞之不暇，顾以为要誉耶！人臣而沽名，义所不敢也；乃人主不以名义鼓天下，使其臣为尸禄保宠，习为寡廉鲜耻之世，又岂国家所利哉？天下明知一切苟且之政，拊心愧恨，有难殚述；辅臣不过偶因一事，代天下请命耳，而竟郁志以去。所日与皇上处者，惟此刻薄、不识大体之徒，毁成法而酿隐忧，天下事尚可言哉』？上召见廷臣于武英殿。上怒詹尔选，诘之声色俱厉；尔选从容奏对，不为诎。上问『如何为苟且』？对曰：『即捐助一事，亦苟且也』。反复数百言。且曰：『臣死不足惜，皇上幸听臣，事尚可为；即不听臣，亦可留为他日之思』。上益怒，欲下之狱。阁臣申救；良久，命项系直庐，下都御史论罪。
国子监祭酒倪元璐上言：『昨见黄安县学生邹华妄行荐举，列及臣名；不胜惊异。陛下求言若渴，本期宣幽烛隐；而宵人干进，薄孔孟为秕糠，网簪缨为桃李。吴鲲化部民也，参及抚按；邹华下士也，荐及朝绅。如是而望朝廷之上昂首伸眉，岂可得乎』？上是之。
大学士温体仁等各捐俸市马；从关宁太监高起潜之请也。刘宗周上言：『一岁之间，助陵工、助城工，又助马价，亦何报称于万一；而时奉急公之旨，诸臣于此毋乃沾沾有市心乎？惟皇上罢得已之役、停不急之务，节省爱养，不徒为一切旦夕之计，亦何事屑屑以利为言乎』！不听。宗周寻报罢。
命乡、会试二、三场兼武经、书算，放榜后习骑射。
四川重庆府盩县童生瞿昌进献白兔；上嫌其献瑞渎奏，驱逐回籍。
五月，下诏大赦山、陕胁从群盗，令地方官多方安插，以消反侧；违者重治之。
逮滋阳县知县成德下锦衣卫狱。德性刚激，出文震孟之门。震孟罢，连章攻体仁；凡十上，尽发其奸。母张氏，伺体仁舆出，辄道诟之。后移狱刑部，戍延绥。
六月，命司礼监太监曹化淳同法司录囚。
七月，大清兵至居庸；分遣诸内臣李国辅等各守关隘。以张元佐为兵部右侍郎，镇守昌平；司礼监太监魏国征守天寿山，国征即日往。上语阁臣曰：『内臣即日就道，而侍郎三日不出；何怪朕之用内臣耶』！
都城戒严，斗米三百钱。上忧之，召廷臣于平台，问方略。户部尚书侯恂言禁市沽，左都御史唐世济言破格用人，刑部侍郎朱大启请列营城外为守御，吏科都给事中颜继祖言收养京民细弱。上谕：『莫若蠲助为便』。
陕西巡抚孙传廷击贼于盩厔，大破之；擒贼首闯王高迎祥及刘哲等献俘阙下，磔于市。
国子监祭酒倪元璐罢；诚意伯刘孔昭参其以妾冒妻封也。有旨：『冠带闲住』。
八月，召廷臣于平台。初，御史金光宸参通州兵部右侍郎仇维桢首叙内臣功为借援，又请罢内臣督兵，上勿善也。是日，怒诘之曰：『仇维桢方至通州，尔即借题沽名』！欲重治之。适大雷雨，议谪。
九月，都城戒严，命督理卢象干总督各镇兵入援。时象升方追贼至郧西，闻警以师入卫；因改象升总督宣大、山西军务。
大清兵从建昌冷口还，守将崔秉德请率兵遏归路；总监高起潜不敢进，扬言当半渡击之。侦骑报师已尽行四日，起潜始进石门山，报斩三级。
十月，前工部右侍郎刘宗周上言：『往者袁崇焕误国，其他不过为法受过耳；小人竞起而修门户之怨，举朝士之异己者概坐焕党，次第置之重典。自此小人进、君子退，中官用事而外臣浸疏，今日之祸实己已酿成之也。且张凤翼溺职中枢而与之专征，何以服王洽之死；丁魁楚之失事于边而与之戴罪，何以服刘策之死；诸镇巡勤王之师争先入卫者几人，何以服耿如杞之死？岂昔之为异己驱除者，今不难以同己互相容隐欤？臣于是知小人之祸人国无已时也。皇上恶私交，而臣下多以告讦进；皇上录清节，而臣下多以曲谨容；皇上崇厉精，而臣下奔走承顺以为恭；皇上尚综核，而臣下琐屑苛求以示察。窥其用心，无往不出于身家利禄；皇上不察而用之，则聚天下之小人立于朝而有所不觉矣。呜呼！八年之间，谁秉国成？臣不能为首揆温体仁解矣』。