本书分编四卷，系据清同治朝「筹办夷务始末」卷九十三至一百选辑而成；由于选辑重心在于同治十三年（甲戌）日本借口琉球难民被台湾先住民杀害事件出兵台湾及其善后事宜，因题曰「同治甲戌日兵侵台始末」。「筹办夷务始末」之巴裁，乃将与洋务（即所谓「夷务」）有关之朝廷谕旨以及枢臣疆吏折奏暨与外国往来照会书札编年、纪月、接日详载。本书各卷之起讫：卷一自当年三月至六月，卷二自七月至八月，卷三全属九月，卷四自十月至十二月。在此十个月中，共得二百多件文件。由此，可窥见当年日本如何出兵台湾、巡视台湾大臣沈葆桢如何交涉与布置、总理各国事务衙门如何与日使柳原前光及大久保利通在北京反覆争辩以及中日双方如何获得协议。此外，本书「弁言」曾言「同治朝筹办夷务始末」所见同治七年英人在台湾违约闹事资料将编入「台案汇录乙集」；但后有变更，前项资料收纳于第二○三种「筹办夷务始末选辑」中，附此说明。